中国共产党新疆第二医学院基础医学院总支部委员会，简称：基础医学院党总支。党总支书记由校党委常委、组织部部长王咏剑兼任。党总支委员：夏春梅、牛淑亮。下设三个党支部：
（一）形态学党支部
全称：中国共产党新疆第二医学院基础医学院形态学支部委员会
简称：形态学党支部
（二）机能学党支部
全称：中国共产党新疆第二医学院基础医学院机能学支部委员会
简称：机能学党支部
（三）实验中心党支部
全称：中国共产党新疆第二医学院基础医学院实验中心支部委员会
简称：实验中心党支部
基础医学院党总支始终坚持党建引领业务工作，坚持立德树人根本任务，以服务广大师生为宗旨，充分发挥基层党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，以业务为载体，提高党建工作成效，促进党建和业务融合，切实提高教育教学质量。基础医学院党总支2022年6月被评为校级“先进基层党组织”；2023年6月，被评为克拉玛依市教育系统“先进基层党组织”，2023年11月，荣获校级“民族团结联谊活动”先进集体。6人次荣获克拉玛依市教育系统“优秀共产党员”荣誉称号。
