药学院前身为新疆医科大学厚博学院药学系，于2003年开办药学专业，新疆第二医学院成功转设后，药学院于2022年成立。目前药学院下设6个教研室，1个实验中心和3个办公室，具体包括化学、药理学、药物分析、药物化学、生药学和药剂学教研室，药学实验教学中心，教学科研办公室、学生办公室和综合办公室。

药学院现有教职工37人，其中银铃专家4人，专任教师26人，实验技术人员5人，辅导员1人,行政秘书1人；副教授及以上职称占比20%，中级职称占比73%；在读博士6人，教师队伍中具有硕士学位教师占比94%。 现有在校生246人。

药学院实验室拥有高效液相色谱仪、分子荧光光度计、紫外分光光度计、倒置荧光显微镜、数字阿贝折射仪、单杯药物溶出度仪、数字熔点仪、旋转蒸发仪等各类大中型仪器设备800余台，设备总值约六百万元，可以满足各相关专业本科实验教学。

2021年药学专业入选自治区一流本科专业建设点，2023年药学实验教学中心获批自治区级实验教学示范中心；在课程建设方面，药物分析学、药理学、药剂学、生药学、医用化学A、药用植物学、生物药剂学与药物动力学、药理学实验（虚拟仿真）8门课程获批校级一流课程，药物分析学于2023年获批自治区级一流课程。在科研方面，近3年先后获批省部级、厅局级、校级科研课题19项，科研论文19篇，其中以第一作者发表SCI 3篇，中文核心期刊3篇，EI1篇，科技核心5篇，2篇论文获得自治区自然科学优秀学术论文奖。